W 2006 roku dokonano sensacyjnego odkrycia. Archeolodzy znaleźli Stare Szamotuły, położone 2 kilometry od obecnego miasta między Szczuczynem a Mutowem. Archeolodzy, szukający w tym miejscu pozostałości kościoła, z wykorzystaniem zdjęć lotniczych (wyznacznikiem były zielone plany na tle żółknącego zboża) trafili na miasto z XIII wieku. Wiadomo było, że w tych okolicach była osada, która w 1257 roku otrzymała prawa targowe. W XI wieku miał tam powstać kościół p.w. św. Marcina. Ku zdumieniu archeologów na zdjęciach lotniczych ukazał im się średniowieczny rynek. Na planie czworoboku o długości 75 metrów, z każdej strony widać zarys chałup, postawionych szczytem do środka rynku. W każdej z czterech pierzei jest siedem parcel, a każda z nich ma wielkość 10 na 22 metrów. Jest ona wyraźnie podzielona na część mieszkalną i gospodarczą dobudówkę. Taki schemat pojawia się w zabudowie obecnego miasta, np. w projektach z 1928 roku w Szamotułach. Na środku odkrytego rynku widać jakiś obiekt. Być może była to rozpoczęta budowa ratusza, albo waga. Prawdopodobnie rynek mógł być brukowany. Za niebywałe uznaje się, że przy jednej z chałup widać nawet płot, czy przejście między domami. Badania wykazały, że odkryte miasto nie zdążyło się jeszcze całe rozwinąć. Wokół rynku jest gęsta zabudowa, bo było to najwartościowsze miejsce, a poza nim widać znacznie mniej domów. Fascynujące jest również to, że układ ulic jest taki sam jak na starówce obecnego miasta. Oznaczać to może, że twórcy obecnych Szamotuł pamiętali dobrze układ poprzednich Szamotuł. Dlaczego tworzyli nowe miasto, co stało się z tym, po którym ślady odkryto? Badania archeologów wykazały, że znajduje się tam dużo popiołu. Miasto prawdopodobnie spłonęło, być może podczas siejącej spustoszenie w tym okresie wojny domowej Nałęczów z Grzymalitami. A nowe miasto położono na terenach otoczonych bagnami, aby móc się lepiej bronić. Wyniki tych badań stanowią ewenement na skalę europejską, bo jest to jedyne tego typu stanowisko archeologiczne w Europie.
Stare Szamotuły - pobliżu Mutowa
Zarys Starych Szamotuł we wschodniej pierzei płyty Rynku